Homomorfismus (v lineární algebře někdy také prostě morfismus) je zobrazení z jedné algebraické struktury do jiné stejného typu, které zachovává veškerou důležitou strukturu.
Každý typ algebraické struktury má svůj typ homomorfismu (mluvíme o grupovém homomorfismu, okruhovém apod.). Například zobrazení je pologrupový homomorfismus, ale nikoli monoidový homorfismus, z monoidu do monoidu , tj. z celých nezáporných čísel do celých kladných čísel s operací , která vrátí větší z operandů ("vstupů"). Nezobrazí totiž neutrální prvek 0 na neutrální prvek druhého monoidu, kterým je číslo 1.
Obecně je homomorfismus zobrazení mezi dvěma algebraickými strukturami stejného typu takové, že pro každou definovanou operaci a pro všechna v platí
Například u pologrup A, B s operacemi tento zápis znamená, že . Tedy není pologrupovým homomorfismem z pologrupy přirozených čísel se sčítáním do pologrupy racionálních čísel s násobením , protože existují čísla, pro která neplatí , tj. . Ovšem je homomorfismem z do , tj. do pologrupy racionálních čísel s operací sčítání – což je zcela jiný objekt s odlišnými vlastnostmi.